Det finns en förhandlingsdelegation för varje avtalsområde. I delegationerna ingår dels representanter från förbundsstyrelsen, dels de avtalsdelegerade som valts av avtalskonferenserna.

Journalistförbundet arbetar med en stor och en liten förhandlingsdelegation. Den stora delegationen prioriterar mellan de krav som förts fram och tar ställning till de olika förslag som utväxlas mellan förbundet och arbetsgivarnas organisation. Lilla delegationen, som består av förbundsordföranden, förhandlingschefen och ofta också ytterligare en person sköter de direkta förhandlingarna med arbetsgivarnas organisation. Kollektivavtalsförhandlingarna pågår ofta under många månader i mer eller mindre intensiva faser, där båda parter måste ge och ta.

Förhandlingsdelegationens uppdrag är att försöka uppnå en så bra överenskommelse som möjligt. När förhandlingarna till sist kommer in i ett skede där förhandlingsdelegationen måste bestämma sig för att acceptera en överenskommelse eller ej, men det är förbundsstyrelsen som fattar det avgörande beslutet. Det beror på att det bara är förbundsstyrelsen som kan ställas till svars inför medlemmarna vid förbundets kongress.

Medling
Om parterna i en avtalsförhandling inte kommer överens kan de begära hjälp av Medlingsinstitutet att lösa tvisten. Det räcker att den ena av parterna begär medling. Syftet med medlingen är att få parterna att hitta nya lösningar eller medelvägar. Om parterna misslyckas med att komma överens kan medlare ge förslag till nytt avtal som parterna får godkänna eller förkasta.

Medlingsinstitutet ingriper också om förhandlingarna strandar och någon part varslar om konflikt.

När parterna går i medling innebär det att direktkontakter dem emellan avbryts. Alla förhandlingar sker via medlarna.

Medlingsinstitutet instiftades 2000 av staten för att minska riskerna för konflikt och andra stridsåtgärder arbetsmarknadens parter emellan.

Strandning och konflikt
Om parterna inte kan komma överens om villkoren i ett nytt avtal strandar förhandlingarna. Skulle detta inträffa har både facket och arbetsgivarnas organisation möjlighet att ta till olika stridsåtgärder för att få igenom sina krav. Facket kan till exempel ta ut medlemmar i strejk och arbetsgivarna kan svara med lockout. Ett annat exempel på facklig stridsåtgärd är blockad, till exempel mot övertid, nyanställningar eller vissa arbetsuppgifter. 

Syftet med en konflikt är att träffa ett så bra kollektivavtal som möjligt.

Innan en stridåtgärd får vidtas måste organisationen varsla motparten och Medlingsinstitutet minst sju arbetsdagar dagar i förväg. 

Medlingsinstitutet utser medlare till parterna. Dessa ska medverka till att lösa konflikten. Medlarna kan skjuta upp en varslad stridsåtgärd i ytterligare sju dagar, men bara en gång.

Det är alltid förbundet – förbundsstyrelsen – som avgör om stridsåtgärder ska tillgripas. Någon lokal stridsrätt finns inte. En enskild klubb kan aldrig på eget initiativ besluta om strejk eller annan stridsåtgärd. Medlemmar får bara delta i stridsåtgärder som förbundsstyrelsen har beslutat om.

Om en konflikt bryter ut, ska du som medlem stå till förbundets förfogande under den tid som normalt skulle ha varit arbetstid. Du kan till exempel inte ta något annat tillfälligt jobb eller resa bort. Att stå till förbundets förfogande innebär att du kan få hoppa in som strejkvakt eller hjälpa till att informera medlemmar och allmänhet om konflikten. Förbundet ersätter dig för förlorad arbetsinkomst. Konfliktersättningen täcker nettoinkomstbortfallet och är enligt lag en icke skattepliktig inkomst.

Observera att det bara är medlemmar i förbundet som får konfliktersättning. 

En konflikt berör samtliga på arbetsplatsen, Under en konflikt får ingen utföra arbete som normalt görs av de strejkande.  Detta innebär att också icke medlemmar omfattas av konflikten, genom att strejkdrabbat arbete är försatt i blockad, det vill säga får inte utföras av någon.

Innan konflikt bryter ut inrättas också en speciell konfliktorganisation. Alla, klubbar och medlemmar får utförliga instruktioner om vad som gäller, via e-post, förbundets hemsida och/eller de lokalt förtroendevalda.